BANK DATA

Human immunodeficiency virus (HIV) adalah retrovirus yang menginfeksi sistem kekebalan tubuh manusia. Secara genetik HIV dibedakan menjadi HIV-1 dan HIV-2. HIV-1 diklasifikasikan kedalam 3 grup yaitu : M, N, dan O. Grup M dibagi menjadi 9 subtipe yaitu: A, B, C, D, F, G, H, J dan K. Pemetaan subtipe dapat menjadi rujukan dalam perkembangan epidemi HIV-1. Analisis filogenetik juga diperlukan untuk mengetahui asal-usul virus, distribusi geografis dan parameter pelacakan proses transmisi HIV pada area sampel. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan distribusi subtipe HIV-1 dan hubungan kekerabatan isolat HIV-1 Jayapura dengan isolat HIV GenBank berdasarkan fragmen gen envelope. Sebuah rancangan potong lintang (cross sectional) dilakukan pada 36 subjek di Jayapura antara bulan Januari Maret 2013. Sampel darah dianalisis menggunakan teknik reverse transcription polymerase chain reaction (RTPCR), nested PCR dan dikonfirmasi dengan sekuensing. Analisis flogenetik dilakukan berdasarkan fragmen gen sampul (envelope) sepanjang 400 pasangan basa (bp). Hasil dianalisis dengan program Bioedit dan MEGA 5.1. Dua subtipe ditemukan di Kabupaten Jayapura. 31 pasien (86.1%) CRF01_AE dan 5 pasien (13.9%) subtipe B. Analisis filogenetik menunjukkan hubungan antara CRF01_AE Jayapura dengan Singapura dan Thailand, sedangkan subtipe B dari Jayapura memiliki hubungan dengan isolat dari Amerika dan Inggris. Penelitian ini merefleksikan introduksi independen beberapa strain HIV-1 ke Papua, melalui penyebaran cepat dengan mayoritas pasien yang terinfeksi strain HIV-1 adalah CRF01_AE. Kata kunci : Subtipe HIV-1, Filogenetik, CRF01_AE, Subtipe B, Papua