Kasus terkonfirmasi COVID-19 sempat mangalami penurunan di awal bulan Februari 2021. Namun, beberapa Negara melaporkan adanya tren peningkatan kasus harian yang didukung dengan ditemukannya Variant of Concern (VOC). Munculnya varian baru dari Virus SARS-CoV-2 perlu mendapatkan perhatian khusus. Pada awal bulan Maret 2021, Indonesia telah melaporkan sebanyak 2 kasus pertama varian Alpha di Karawang. Oleh karena itu, upaya pemerintah untuk mengidentifikasi pola persebaran varian baru melalui kegiatan surveilans genom SARS-CoV-2 sangatlah penting guna mengetahui epidemiologi molekuler, karakteristik SARS-CoV-2, dampak terhadap kesehatan, serta pelacakan kasus untuk pencegahan dan penanggulangan COVID-19 di tingkat nasional maupun global.

Kementerian Kesehatan  menyelenggarakan surveilans genom Virus SARS-CoV-2 yang tertuang dalam Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor HK.01.07/MENKES/4842/2021 tentang Jejaring Laboratorium Surveilans Genom Virus SARS-CoV-2 yang bertujuan untuk memantau variasi genom SARS-CoV-2 secara rutin,  memastikan status persebaran varian dan mutasi baru SARS-CoV-2 di Indonesia dan kaitannya dengan tren epidemiologi yang meliputi kejadian super-penyebaran, area tren mortalitas/morbiditas tinggi, efektivitas vaksin covid, dan lainnya; serta membangun jejaring surveilans genomik untuk deteksi dini varian genom yang berimplikasi pada kesehatan masyarakat. Ruang lingkup pemeriksaan sekuensing genom SARS-CoV-2 meliputi Whole Genome Sequencing (WGS) menggunakan platform Next Generation Sequencing (NGS) dan sekuensing parsial gen S dengan platform Sanger sequencing.

Kegiatan surveilans genom ini melibatkan banyak institusi serta jejaring laboratorium sekuensing virus. Sampai tanggal 2 Mei 2021, tercatat sebanyak 19 laboratorium kesehatan, penelitian dan universitas yang mempunyai kapasitas pemeriksaan sekuensing. Salah satunya adalah Balai Penelitian dan Pengembangan Kesehatan Papua yang menjadi Jejaring Laboratorium Surveilans Genom Virus SARS-CoV-2 untuk wilayah Provinsi Papua dan Provinsi Papua Barat dengan kapasitas alat pemeriksaan Sekuensing NGS (MiSeq Illumina) dan Sanger (35000 Genetic Analyzer, ABI).

Peran dan tanggung jawab laboratorium pemeriksa sekuensing genom yang tercantum dalam KMK No. HK.01.07/MENKES/4842/2021 tentang Jejaring Laboratorium Surveilans Genom Virus SARS-CoV-2 adalah sebagai berikut:

1. Melakukan pemeriksaan sekuensing genom sesuai platform yang tersedia;

2. Menganalisis data hasil sekuensing genom;

3. Melaporkan hasil pemeriksaan sekuensing genom terhadap spesimen di wilayah kerjanya ke Kementerian Kesehatan;

4. Mempublikasikan hasil pemeriksaan sekuensing genom ke database publik (GISAID);

5. Mendiseminasikan/data sharing ke anggota jejaring laboratorium yang lain; dan

6. Menyimpan spesimen sekuensing genom sesuai pedoman yang disepakati.

Sejak ditetapkan sebagai salah satu Jejaring Laboratorium Surveilans Genom Virus SARS-CoV-2, pemeriksaan WGS pada Balitbangkes Papua telah memasuki batch 6. Sejauh ini telah dilakukan pemeriksaan WGS pada 159 sampel COVID-19 dari Prov. Papua dan 12 Sampel dari Prov. Papua Barat dengan Ct (Cycle threshold) gen target (RT-PCR) Global Inisiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) dan surat hasil pemeriksaan ditembuskan kepada Badan Kebijakan dan Pembangunan Kesehatan Kementerian Kesehatan.